La historia del juego gira en torno a Edea, una bruja que está controlando al presidente de Galbadia para que ataque a países vecinos. Por esto, se alzan muchos grupos de resistencia a "pararles los pies a la bruja", entre ellos los "Búhos del Bosque", de los cuales la líder es Rinoa, una joven chica que acaba enamorándose de Squall. Más tarde se sabe que la bruja Edea, es solo un títere del verdadero enemigo, Artemisa, una bruja del futuro que busca dominar el mundo controlando a varias brujas del pasado, entre éstas Adel y la misma Rinoa. De modo que para detenerla, Squall y su grupo de SeeDs con la ayuda de una especie de vórtice temporal viajarán al futuro para enfrentarse a Artemisa. Además de la historia principal de Squall, nos encontraremos con la historia de Laguna, una historia que viviremos a través de los sueños de Squall y sus compañeros, y que avanzado el juego conoceremos en persona a Laguna, más mayor.